Magnesium in the structure of Ensemble Refinement Of The Protein Crystal Structure Of The CYS84ALA CYS85ALA Double Mutant Of the [2FE-2S] Ferredoxin Subunit of Toluene- 4-Monooxygenase From Pseudomonas Mendocina KR1 (pdb 2q3w)

The binding sites of Magnesium atom in the structure of Ensemble Refinement Of The Protein Crystal Structure Of The CYS84ALA CYS85ALA Double Mutant Of the [2FE-2S] Ferredoxin Subunit of Toluene- 4-Monooxygenase From Pseudomonas Mendocina KR1 (pdb code 2q3w). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Magnesium atom. The 2q3w structure was solved by E.J.LEVIN, D.A.KONDRASHOV, G.E.WESENBERG, G.N.PHILLIPS JR., CENTER FOREUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS (CESG), with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 31.4-1.5 Space group C2221 a (A) 44.510 b (A) 52.400 c (A) 83.556 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 14.4 Rfree (%) 18.1 Magnesium Binding Sites: Magnesium binding site 1 out of 2 in 2q3w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Magnesium in the PDB 2q3w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Magnesium atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Met17, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Glu18, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Glu18, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, A: Met17, A: Glu18, A: Ser53, A: Glu54, A: Gly55, A: Hoh903, A: Hoh904, A: Hoh905, A: Hoh906, A: Hoh907, A: Hoh944, A: Hoh1005, A: Hoh1023, conact list: Atom Atom Distance (A) Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 Mg O A:Met17 4.81 Mg CE A:Met17 4.97 Mg O A:Ser53 2.17 Mg CB A:Ser53 4.49 Mg OG A:Ser53 4.41 Mg C A:Ser53 3.27 Mg CA A:Ser53 4.33 Mg O A:Glu54 4.89 Mg N A:Glu54 3.98 Mg C A:Glu54 4.41 Mg CA A:Glu54 3.90 Mg O A:Gly55 4.35 Mg N A:Gly55 4.86 Mg O A:Hoh903 2.31 Mg O A:Hoh904 2.28 Mg O A:Hoh905 2.28 Mg O A:Hoh906 2.48 Mg O A:Hoh907 2.21 Mg O A:Hoh944 4.07 Mg O A:Hoh1005 4.67 Mg O A:Hoh1023 4.59 interactive model: Magnesium binding site 2 out of 2 in 2q3w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Magnesium in the PDB 2q3w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Magnesium atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Lys94, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Lys94, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Lys5, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Lys94, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Lys94, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Lys94, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, A: Lys94, A: Gly95, A: Asp96, A: Asp97, A: Hoh908, A: Hoh909, A: Hoh910, A: Hoh911, A: Hoh927, A: Hoh984, conact list: Atom Atom Distance (A) Mg O A:Lys94 4.89 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg O A:Lys94 4.89 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg O A:Lys94 4.89 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg O A:Lys94 4.89 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg O A:Lys94 4.89 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 Mg O A:Lys94 4.89 Mg N A:Asp96 4.39 Mg CB A:Asp96 4.56 Mg OD2 A:Asp96 2.29 Mg C A:Asp96 4.64 Mg OD1 A:Asp96 3.88 Mg CG A:Asp96 3.37 Mg CA A:Asp96 4.77 Mg N A:Asp97 4.16 Mg CB A:Asp97 4.11 Mg OD2 A:Asp97 3.44 Mg OD1 A:Asp97 3.12 Mg CG A:Asp97 3.26 Mg CA A:Asp97 4.68 Mg O A:Hoh908 2.45 Mg O A:Hoh909 2.13 Mg O A:Hoh910 2.10 Mg O A:Hoh911 2.42 Mg O A:Hoh927 4.91 Mg O A:Hoh984 3.65 interactive model: